序盤もそうですし、自分にしても今もなお宝石や名誉コインの不足には悩まされます。
宝石がが取得できるコンテンツを確実にこなし、優先度の高い項目に絞って使い節約を意識する、どうしてもきついときは課金も視野に入れて･･･と言う感じになると思います。
宝石が取れる方法をまとめると
・ギルド戦の勝利：２戦勝利で２００個／１日（6時、18時で入れ替わり）
・クエストの宝箱の中身（たまに宝石１～３個または広告見て２０個）
・無限ランキング戦での勝利：１０個／１戦、ランキング報酬
・遊び場の神経衰弱とサイコロゲームクリアで２００個／１日
・クイズ（簡単な四則演算）：３０個×５問／１日
・ルーレット：運が良ければ最大１３００個獲得、１日３回回せて１回目は無料、２回目以降は名誉コインが必要
・転生時のパズル（正解で１０個）
・挑戦の塔（千数百個＋α（イベント時加算）／３日）
・デイリーランキング戦報酬（参加すれば転生階に応じて報酬）
・１日１回３００個（週末は１０００個）支給
・☆６秘宝をコンプした場合は秘宝チケット１枚が宝石１０００個に転換されます。
・おすすめ度は低いですが、精霊の高原でチケットが余っていればチケット１枚が宝石１０個にはなります。
（おすすめ度が低い理由は余ったチケットはペット欠片に充当した方がいいからです）
・あとはイベントや季節パス等ひょかっと宝石の大量配布もあったりしますのでそれを待つような感じになります。

無駄遣いを避ければピンチになってもどうにかなるとは思いますが、課金を視野に入れるのでしたら。
・季節パスは即効性は無いが費用対効果が非常に優秀
・次点はイベントパッケージ
・課金するときは週末やたまにある○＄課金でプレゼントがもらえるイベント実施日にする。
・永続的効果のあるパック（精霊の高原チケット増量等）は導入しても損はしない

あたりを狙うといいと思います。
また１＄でも課金すればVIPユーザーとなり、イベントでもらえる宝石や名誉コイン、ペット欠片等が倍になるのでそれだけでもだいぶん違ってくるとは思います。