まずはダンジョン構成です。
バトル数2
パラケルスス
HP12000 1ターン1200ダメージ
[南瓜]パラケルスス HP60000 2ターン6500ダメージ

2ターンで6500ダメージ飛んでくる上にHP6万です。防御スキルを用いた持久戦になります。一戦目も1ターン1200ダメージなので、HPをしっかり確保して挑みましょう。

攻略法としては運命の志士とほぼ同じですが、フレンドさん含め1/4ダメージ軽減スキル三人(もしくは1/4二人+無効化スキル)の力で教授の攻撃を軽減、もしくは無効化して倒す方法です。

一戦目にてスキル担当の色の石を開けてスキルを溜めていきます。二人以上溜めますのでHPが低い場合は一緒に貯めていくよう心がけて下さい。1/4で4ターン、無効化で2ターン稼げます(発動までは10ターンです)ので逆算して貯めていただけると良いと思います。一戦目の最後は全軍攻撃で少しでもスキルを貯めるようにします。

二戦目では教授の攻撃するタイミングに合わせてスキルを順々に発動させていきます。
万が一の保険としてもう一人無効化の偉人さんを入れていた場合の話になりますが、HPが1625を切る場合、もしくはスキルを発動できる偉人さんがいなかった場合にその偉人さんのスキルを使うと助かる確率がぐっと上がります。

パーティーに関してですが、フレンドも含めて1/4三人(もしくは1/4二人+無効化一人)の他に、万が一の保険として無効化もしくは1/4が一人入っているとより安定して攻略出来ると思います。
HPは4800以上あれば一戦目で回復力＞ダメージになるので安定します。
理論上はHP3300でもギリギリ溜められますが、これは毎回回復+目的の色が溜める目標の数全て出た場合の話になるので、戦友スキルを使い余裕を持ってHPを確保すると良いと思います。4000より上なら回復が三回出なかった場合でも耐えられると思います。

スキルチャージの推しメンスキルを使用した場合、一色にすると3回出なかった場合に対応出来ないので他の色も織り交ぜて、バトル1で一人だけ1/4を使い3ターン以上で倒します。
基本は1/4三人(1/4二人＋無効化一人)ですが、HPが低い場合はもう一人無効化を入れ、HPが1625を切った時に使います。HPが1625切ってるけど回復出れば何とか、という時はリーダーのスキルを。色が浮かび上がらなければ回復は必ずあります。逆の場合回復が出ない可能性もあるので、保険の無効化を打ってみるといいかもしれません。