分からないけどブーツのサイズが合ってない、もしくはバインの締め過ぎとかあるかもしれないです。

ブーツサイズが合ってるなら、インソール変えるだけで改善する事もあるそうです。

スタンス角度が悪い？とか？

靴下2枚履いたり中に詰め物してないのであればブーツのサイズが合ってないんだと思う

私も経験あります。
その時はブーツを変えただけで痛くならなくなりまさした。バインとスタンスはそのままです。